虽然咯菌腈的化学结构式中带有吡咯环，但其杀菌作用方式并不同于其起始化合物硝吡咯菌素所具有的呼吸抑制作用，而是通过打断病菌细胞HOG-MAPK信号转导通路，导致细胞内产生超高的渗透压，撑裂细胞。

咯菌腈的作用效果就是抑制病原真菌的孢子萌发、芽管伸长和菌丝生长。

咯菌腈对光和水解的稳定性不错，光照半衰期为24.9小时，在pH值5～9的时候，70℃下也不发生水解。所以，咯菌腈成为长效保护种苗生长的种子处理使用，且包被在种子表面的咯菌腈成分大多数保留在种子表面或附近，建立起一个防止土传或种传性病菌侵染种苗的保护区，大约4%的施用量会穿透种皮提供对位于种子深层的病菌抑制。